El MRTA (Movimiento Revolucionario Túpac Amaru) actúa en la zona desde 1985 aunque se fundó un año antes, por elementos de extrema izquierda que quisieron importar el fenómeno de las guerrillas izquierdistas de otros Países latinoamericanos.
Los atentados con coches bomba, asesinatos de policías, militares y también civiles, secuestros, sabotaje y guerrilla urbana, al estilo de Sendero Luminoso, el otro gran grupo terrorista peruano, han sido continuos. Más de 26.000 asesinatos y casi 27.000 millones de dólares en pérdidas materiales son las cartas de presentación del MRTA y de Sendero Luminoso en el siglo XXI. La diferencia visible entre el MRTA y Sendero Luminoso es el uniforme que visten los primeros, en los Andes, sin embargo en las ciudades se camuflan entre la población del mismo modo que hace Sendero Luminoso. Un sector de la población especialmente castigado por ambos grupos terroristas es el homosexual, con 500 víctimas entre ambos y considerado por el MRTA como una lacra social que corrompe a la juventud.
El primer líder del movimiento, Víctor Polay Campos, fue detenido en 1992, sustituyéndole Néstor Cerpa Cartolini, abatido en la toma de la Embajada de Japón en 1997, una acción espectacular en la que retuvieron a 500 personas de lo más granado de la sociedad peruana, motivando una respuesta militar por parte del Gobierno con el saldo de 14 terroristas muertos (incluido su líder), el vocal de la Corte Suprema del Perú, Carlos Giusti además de dos militares.
El origen común de los dos grupos terroristas fue el Partido Comunista Peruano de los años 60, el cual se fragmentó en dos formaciones: una de influencia rusa y la otra de influencia china, dos formas de comunismo diferentes, la primera más pacífica que la segunda.
El MRTA nace en 1982 como resultado de la unión de la facción del Partido Socialista Revolucionario marxista-leninista liderado por Luis Varesse Scotto y de elementos migrantes del Movimiento de Izquierda Revolucionaria.
En sus orígenes se le confundía con Sendero Luminoso, llegando a decirse que se trataba de la facción urbana de aquel grupo terrorista pero lo cierto es que el MRTA deriva de asociaciones rebeldes de finales de los 50 y primeros 60. En los 70, los fundadores del MRTA adquieren experiencia guerrillera en Nicaragua y de lucha social en Argentina, surgiendo ORGA, la organización clandestina del Partido Socialista Revolucionario del Perú, sin embargo la verdad es que Sendero Luminoso tendría mucho que ver en la constitución del MRTA pues uno de los líderes de este movimiento, Cerpa Cartolini, formó parte antes de Sendero Luminoso y en Perú se dice en no pocos círculos que en realidad el MRTA se formó para combatir a Sendero Luminoso desde dentro y posteriormente en su propio terreno, tanto rural como urbano, a modo de terrorismo de Estado pero acabaría escapando al control del Gobierno, algo similar a lo que ocurrió en los 80 con los GAL en España, un grupo terrorista creado por elementos del Gobierno socialista español del momento para combatir a la organización ETA con sus mismas armas, esto es, atentando contra ellos, experimento igualmente fallido.
El nombre lo adoptaron de José Gabriel Condorcanqui Noguera, Túpac Amaru II, que fue cacique de Tungasuca, Pampamarca y Surimana, rebelándose contra las autoridades españolas en 1780.
Al igual que ETA en España, con sus numerosas treguas que utilizaba para rearmarse, también el MRTA hacía lo mismo en Perú.
Su relación con las mafias de la droga viene de cuando las Fuerzas de Seguridad peruanas desmantelaron su cuartel general en el Departamento de Cusco, trasladándose al VRAE donde comenzaría su alianza con el narcotráfico.
El primer líder del MRTA, Victor Polay Campos, cuyo nombre de guerra era "Rolando" fue capturado en 1989, año crítico en la lucha contraterrorista en Perú pues se recrudeció la actividad de los grupos terroristas por lo que el Ministerio de la Defensa decidió montar un dispositivo como nunca antes había puesto en marcha, a cargo del general Enrique López Albújar, que fue Ministro de la Defensa, consiguiendo abatir a 106 activistas del movimiento, motivo por el que se convirtió en objetivo prioritario del MRTA hasta que consiguieron asesinarle en 1990.
Polay se fuga de la cárcel en 1990 junto a 46 militantes retomando el liderazgo del movimiento. Aumentó la captación de activistas utilizando para ello a partidos legales de extrema izquierda como el Bloque Popular Revolucionario (BPR) y el Movimiento Patria Libre (MPL), pero en 1992 Polay es de nuevo detenido y los partidos que les apoyaban, debido a disputas internas, van desapareciendo paulatinamente, decayendo notablemente el MRTA desde entonces. Debido a esta decadencia, su nuevo líder ideó una acción para recuperar prestigio y notoriedad internacional con el objetivo de recabar apoyos fuera del Perú: toman la embajada de Japón en 1996 con el resultado ya indicado anteriormente de muerte del cabecilla y otros trece terroristas más en la incursión de las fuerzas de élite peruanas en la embajada. En la primera década del siglo XXI apenas si se les oía dedicándose a tomar pequeñas poblaciones de pocos cientos de habitantes para dar a entender que aún existen, sin embargo, gracias al narcotráfico que les utiliza para protección de envíos de droga, están revitalizándose en los últimos años.
